检查幽门螺杆菌方法较多，分为有创和无创两种类型。有创检查指必须通过做胃镜活检才能检查。无创检查指抽血、留大便或呼气试验。常用尿素呼气试验，包括碳13呼气试验、碳14呼气试验，其次是粪便抗原检测，另外抽血也可以查分子生物学基因。

有创检查方法常用快速尿素酶试验，组织学检查即取活检后做病理组织学检查抗幽门螺杆菌。如果需做培养加药敏试验，可以进行培养加药敏试验。另外还有分子生物学方法，即基因检测。