营养不良的原因主要是能量不足和蛋白质缺乏，这两种问题都与儿童的生长发育密切相关。能量是维持生命和促进生长的基本物质条件，营养不良小儿基础代谢仅为正常小儿的70%或更低。基础代谢所需热量是指维持人体在清醒而安静状态下的热量需要，是维持体温、肌肉活动、循环、呼吸、胃肠蠕动、腺体活动等代谢需要。如果基本的需要都达不到，更谈不上供给生长的需要了。生长所需的能量消耗是儿童发育期所特有的，其所需的热量与生长的速度成正比。如果食物供给的热量不够生长需要，生长发育就会停止或迟缓，所以营养不良会引起小孩矮小。蛋白质是构成身体细胞质和体液的主要成分，其生理作用是新生和修补身体组织，同时也是能量的重要来源。婴幼儿所需的蛋白质比成人更多，不但需要蛋白质以补充丢失，而且还用来增长和构成新的组织。蛋白质还与许多消化酶有关，与身体的内分泌有关，所以蛋白质不足会导致新的组织增长受限，生长介素水平降低、活性降低，不能有效的刺激软骨的生长，长骨生长受限，势必造成矮小。