患者的卵圆孔未闭，不会出现心脏内血液分流，或分流量很小时，没有多少症状。而当因各种原因导致患者右心房压力超过左心房时，如剧烈运动、潜水、咳嗽等，可导致卵圆孔未闭，进而出现心脏内血流明显的右向左异常分流，从而引起相关的临床症状。但通常即使卵圆孔未闭，在生理状态下一般不会导致血流异常分流或分流量少，大多数患者不会出现症状。
卵圆孔未闭导致的心脏内血流出现明显右向左异常分流，可引起不明原因的脑卒中，以及偏头痛、减压病或者倾斜呼吸-直立低氧血症相关的临床综合征。并且开始出现相应的症状，包括原因不明的头晕、头痛、呼吸困难，尤其在活动时可出现呼吸困难、肢体无力等。因此卵圆孔未闭的患者一旦出现症状，则应该积极进行治疗，如封堵术等。
