卵圆孔形成于胚胎发育的第6-7周，卵圆孔是胎儿时期左右心房之间的血流通道，来自母亲脐静脉的血通过此通道从右房流入左房，进入胎儿的左心腔，然后流向胎儿的全身，为胎儿发育提供氧气和营养。胚胎发育过程中，心房之间先后形成两个间隔，最先出现的隔为原发隔，也称第一隔。后面出现的隔为继发隔，也称为第二隔，两个间隔逐渐生长并融合以隔断两个心房。
继发隔不继续生长而中途停止，与原发隔之间未能粘连融合，则会留下一个裂隙称为卵圆孔。正常情况下婴儿在出生2个月后房间隔融合，如果超过1岁未能融合则形成卵圆孔未闭。卵圆孔未闭是最常见的先天性心脏病之一，根据卵圆孔直径的大小，将卵圆孔未闭分为大卵圆孔未闭，即卵圆孔直径≥4mm，中卵圆孔未闭直径为2.0-3.9mm，小卵圆孔未闭直径≤1.9mm，可以经导管封堵卵圆孔或外科手术关闭卵圆孔。
