肾结石患者通常并不需要输液治疗，仅在患者采用侵入性治疗时，考虑静脉应用抗菌素，从而预防感染。对于肾结石直径在0.6-2cm，建议患者采用体外冲击波碎石，在治疗前后，会给患者应用静脉抗菌素进行抗感染治疗。常用抗菌素主要是喹诺酮类药物，如诺氟沙星、氧氟沙星和莫西沙星等，以及头孢菌素类药物，如头孢呋辛、孢曲松等。

体外冲击波碎石虽是将能量聚在结石内，将结石粉碎，但由于冲击波需要通过人体组织，尤其需要通过组织较脆弱的肾脏，可能会对肾脏造成一定损害。研究表明，通过体外冲波碎石治疗后的肾脏，皮下会出现潜在小血肿。如果未经治疗，血肿会导致局部感染。手术治疗通常适合于结石较大的患者，结石直径在2cm以上，手术方式包括经皮肾镜手术和输尿管软镜手术。对于接受手术治疗的患者，因手术具有一定侵入性，并且存在感染风险，所以在手术治疗前，通常需要采用静脉应用抗菌素，以最大限度预防感染。