目前多囊卵巢是不是和基因、遗传、其他外界因素有关，目前病因不是特别清楚。从病理生理的角度讲，卵巢每个月会有排卵，每个月会形成一个优势卵泡，抑制其他卵泡。
但是由于内分泌失调，优势卵泡没有形成，而所有卵泡竞争性地长，这时卵巢形成多囊状，哪个也不排卵。因为没有优势，激素分泌水平会有异常，这是形成多囊卵巢的病理生理情况。
大部分病人会伴有高雄激素血症，身体会出现多毛、痤疮，部分人可能伴有肥胖、胰岛素抵抗。这时查血糖和胰岛素，可能会有轻微异常，这是多囊卵巢的病理生理表现。
这些病人主要危害在于不排卵，怀孕会成问题，不容易受孕，会有不孕的情况。此外多囊卵巢由于雄激素高、孕激素不足，导致内膜缺乏孕激素保护，如果不予治疗，可能在未来得子宫内膜癌的几率比别人高很多。
