每次阴天下雨就会头疼的原因有两大类，包括生理的原因和病理的原因，具体如下：

1、生理原因：每次阴天下雨的时候，由于湿度的变化、气压的过低、氧分压的不足等，对于部分敏感体质的患者，其反应比较敏感，就可以出现头疼的现象。此现象的出现是一个生理的敏感过程，对于气压、湿度、温度等产生了一种反应，此反应的表现之一就是有头疼和其它的不适感觉，属于一个生理的变化；

2、病理原因：患者有脑部的疾病、全身性的疾病，如心血管病，包括高血压、动脉硬化等，以及内分泌的情况等，在阴天下雨的时候，这些疾病可能受到了阴天下雨的温度、湿度等刺激，进而诱发了疾病的症状加重，就可以引起头疼。此情况下的头疼也就是此病理现象的反应的一个症状，可能还有其它的不适反应等。

所以阴天下雨，由于温度的变化、湿度的变化、氧分压的变化、气压的变化等，造成了机体的一种刺激的反应，就会出现头疼，生理性的经过一定的调整，可以很好的恢复。而器质性的病变所导致的头疼，如心血管病、风湿病、重要的躯体疾病等，应该在医师的指导下进行很好的预防和防护，同时进行调整。在阴天下雨的时候，需要注意尽量的避免患者发生不良的反应，避免出现头疼等现象。