根尖脓肿如果未进行彻底治疗，可能会变成根尖瘘管。瘘管可能发展为面部皮肤瘘管、骨组织囊肿破坏、骨髓炎、间隙感染，严重者在面部、颈部、上颌窦均引起感染。所以，根尖脓肿需做彻底根管治疗，否则造成骨坏死、蜂窝织炎、间隙感染、面瘘、面颊瘘、皮瘘。

如果出现上述并发症，临床治疗较复杂，需早发现，早治疗。在早期进行牙髓彻底根管治疗，防止病情发展较严重，且后期治疗较困难，医疗费用较高。