一旦怀疑肝脓肿以后，比如患者有高热、寒战、肝区疼痛、疼痛不适这些症状，怀疑肝脓肿。首先做的检查方法，就是做肝脏超声。
超声里典型的脓肿表现，肝脏里面出现液性暗区，大多数肝脓肿呈单发或者有两个，这是比较常见的现象。极个别的情况是多发性肝脓肿，无论是单发还是多发，一般表现为肝脏里面有液性暗区。在肝脓肿液化以后，有了脓液，表现为液性暗区，一般会有比较厚的壁。在没有液化的阶段，一般呈低回声状态，呈圆形或者类圆形低回声，与血管瘤、肝癌还是有区别的。
另外还要结合化验检查、患者的临床表现，来综合判断。实验室检查的方法就是血常规里一些感染相关的指标，包括白细胞、降钙素原、C反应蛋白，这些指标都相应升高。另外，如果有液性暗区，尝试着做穿刺置管引流，如果穿刺出来是脓液，一方面可以确诊是肝脓肿，一方面要针对脓液进行相应的化验检查，做脓液细菌学的培养和药敏试验，来获得病原学的诊断，以及相应的抗生素指导治疗。
