伽玛刀治疗血管瘤本身较为安全，风险主要是畸形血管团在完全闭塞之前，随时可能会出血，即再次出血，所以其最大的风险是起效比较缓慢，在完全闭塞之前随时可能出血。
另外，比较罕见的是最后的水肿反应和囊变这两种。因为本身伽玛刀治疗后可能会引起周边神经水肿，引起癫痫，所以如果治疗引起水肿，可以通过输甘露醇、甘油果糖这些药物脱水。如果出现囊变，囊变越来越大压迫到神经引起严重症状，必须通过手术来处理。
因为伽玛刀治疗血管瘤是通过射线聚焦照射到血管畸形本身，造成血管内皮细胞不断增生、增厚、管腔闭塞，达到降低出血几率的目的，治疗主要是安全、微创。因为很精确，照射范围只是照射血管畸形本身，所以照射以后对于周边神经、血管的损伤微乎其微。因为它的精确度可以精确到毫米以上，边缘剂量非常低，不会造成周边神经损伤。
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