生殖器疱疹目前没有可以治愈的特效药，治疗主要以缓解症状，缩短病程及防止复发为主要目的。首选药物治疗，常见药物有阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等。

部分患者免疫力低下，可导致生殖器疱疹反复发作，可采用长期抑制疗法，通过抑制病毒的复制，来达到临床的缓解的目的。