胃窦萎缩性胃炎，常用以下的药物比较好。

1、黏膜保护剂：比如索法酮，其能扩张胃黏膜血管、增加胃黏膜血流量、减少组织耗氧量，促进胃黏膜的修复。同时，其还能够抑制前列腺素的分解酶，从而增加胃内前列腺素的合成，通过增加防御因子的作用，保护和增强胃黏膜防御功能和保护胃黏膜。另外，患者也可以服用一些替普瑞酮，其也有类似的功效；

2、中成药：常用的中成药有摩罗丹、胃复春等；

3、质子泵抑制剂：另外，如果患者有明显的反酸、烧心、腹痛的情况，可以用一些质子泵抑制剂，比如奥美拉唑、雷贝拉唑或者泮托拉唑等；

4、联合用药：如果患者有明显的幽门螺杆菌感染情况，一定要进行幽门螺杆菌的根治治疗，常用的是四联治疗，疗程10-14天。一般是一种PPI制剂，或者是H2受体阻滞剂，加两种抗菌素和一种铋剂，比如常用的有奥美拉唑加枸橼酸铋钾、加阿莫西林、加克拉霉素，用药10-14天。

除此之外，还要改善患者的一般情况，比如要保护胃黏膜、促进胃黏膜的修复，避免暴饮暴食，避免辛辣、油腻，以及刺激性食物的摄入，避免饮酒、喝浓茶、浓咖啡等。如果胃窦萎缩性胃炎为一些药物引起，那么可以避免使用一些药物，比如糖皮质激素类药物等。患者要保持生活习惯的规律性，比如少食多餐、适当的运动、保持充足的睡眠、劳逸结合，并且建议放松心情等。