神经内镜术后并发症与手术种类及疾病性质相关。如颅底手术，进行经鼻、经口内镜手术，其并发症可见脑脊液鼻漏、出血、感染等情况，此外部分患者术前出现视力下降，但术后可出现视力下降加重，甚至失明的问题。脑室脑池内镜术后同样存在并发症，如脑积水手术，术后患者可出现高热、尿崩、尿量增多等症状，部分患者可见硬膜下积液，或脑积水无缓解需进一步治疗的情况。