体外冲击波碎石对人体组织、器官具有一定的损害，应用不当也可能导致多种损伤，如肾脏损伤、肾被膜下出血等。

男性患者可能会对精子产生一定影响，一般三个月以后能恢复正常，因此需严格把握手术的适应症及禁忌症，同时需注意患者有无严重的合并症。

通常体外冲击波碎石导致的肾脏和输尿管的损伤比较轻微，2周以内能自行恢复，较为安全可靠。