反流性食管炎的疗程是因人而异。一般的疗程活动期的时候要4-8周，之后根据病情可以选择按需服药或者维持治疗，如果口服质子泵抑制剂，可能口服2-3天，可能反酸、烧心的症状不再出现，但是活动期要按照疗程服药4周，可能食管黏膜的糜烂、溃疡才能彻底愈合。所以在用药的时候，不能根据症状自行调整用药时间，临床上许多患者吃药后症状消失，觉得治愈了，就自行停药，但是停药后很快复发，所以要求按照疗程一般要4-8周。
对于重度的反流性食管炎，停药以后反复发作，或者有食管溃疡的患者，可能至少要8周以后，还需要进行维持治疗。维持治疗的时间根据病情也是因人而异，原则上是不出现症状为止的最低剂量，才能维持治疗。对于轻度的反流性食管炎，服药到8周以后可以停药，停药以后如果再出现烧心或者反流症状，可以按需服药，也就是出现不适的时候再吃药。
