多器官功能障碍患者的预后需根据其受损伤的主要脏器决定。患者出现损害的脏器越多，其预后一般越差。若出现二个器官的衰竭，死亡率在50%左右；若出现三个的器官衰竭，死亡率可达80%左右。此类患者必须不伴有肾功能损害，才可有存活机率；若患者出现四个及以上器官衰竭，则死亡率更高。另外，多器官功能不全的患者治疗期间需积极抗感染，控制创伤及原发病。