血液滤过的并发症与血液透析类似，包括低血压、恶心、呕吐、发烧、血栓栓塞、空气栓塞以及过敏反应肌肉痉挛等。除上述并发症以外，由于血液滤过具有置换液，因此，可能出现置换液被污染，导致严重的溶血反应和败血症等并发症。还需要注意的是，由于血滤器孔径较大，因此可能造成部分氨基酸和蛋白质的丢失，血液滤过以后需要补充部分蛋白质。