小儿蛛网膜囊肿手术后遗症如下：

1、与开颅手术相关的后遗症：包括开颅出血、脑脊液漏、血肿、皮瓣坏死或皮瓣不愈合；

2、与疾病本身病理特点相关的后遗症：囊壁本身具有分泌囊液的功能，而蛛网膜囊肿手术通常仅切除颅骨表面壁层，无法切除紧贴大脑皮层表面的蛛网膜囊肿，否则可能导致大脑皮层受损，因此术后囊壁仍存在分泌囊液的功能；小于两岁的小儿，自身重吸收脑脊液的能力有限，在此基础上，蛛网膜囊肿将新增液投入其脑循环中，使脑脊液循环失衡，最终无法完全吸收形成脑积水。但这两种情况出现的概率较低，并可以有效控制。