检查小肠的最好方法是胶囊内镜。胶囊内镜通过口服进入胃、小肠，胶囊内电子摄像系统每隔1-2秒进行拍摄，并将照片传出体外，以供检查。

为目前检查小肠疾病最常用、最安全、几乎无创的方法。小肠疾病还可采用小肠镜检查，其检查过程较复杂，费用较高。

此外还有小肠造影检查，口服造影剂后通过X线观察小肠内病变情况，进行疾病分析和诊断。