肝囊肿为良性病变，较难引起症状。随着肝囊肿的逐渐生长，可压迫肝叶组织，患者出现腹部不适，如腹胀、进食后恶心欲呕等。若肝囊肿合并细菌或其他病原菌感染，患者可能会出现右上腹不同程度的疼痛、发烧，甚至因肝细胞损害，胆红素及胆色素排泄不畅引起黄疸。此外，若外生性肝囊肿破裂会引起急性弥漫性腹膜炎，病情较为严重。