对于较大、位置特殊或者长期引起患者产生腹胀等强烈不适的肝囊肿，需进行手术治疗。肝囊肿严重时，患者的肝脏几乎被肝囊肿占据，已无正常肝组织，此时若不进行手术，易因肝功能衰竭危及患者生命。手术方式包括开窗手术、去顶手术、囊肿切除等方法，以尽可能彻底破坏肝囊肿壁，达到避免肝囊肿复发，同时保护正常肝细胞的目的。