舌咽神经痛发病的概率相对三叉神经痛发病的概率小得多，其也分为原发性和继发性，原发性的是找不到原因的舌咽神经痛。继发性舌咽神经痛和三叉神经痛相同，主要是由于部分肿瘤、血管的压迫或是茎突过长，多数是由于血管的压迫，即在舌咽神经出脑干的部位由血管压迫所造成。还有部分蛛网膜的粘连、炎症也可能会引起舌咽神经痛。