舌咽神经痛的治疗包括药物治疗、封闭治疗以及手术治疗。药物治疗中，普通的止疼药效果不好，一般认为需要应用卡马西平或奥卡西平这类阻断神经传导的药物，对于部分引起心源性休克晕厥的病人，需及时进行抢救。舌咽神经痛的手术治疗主要有几种方式，包括舌咽神经热凝固术、舌咽神经微血管减压手术、舌咽神经离断和迷走神经上根的离断手术。目前主流方式是微血管减压手术，主要是在耳后开一个4cm左右大小的切口，再开一个一元硬币大小的骨窗，通过正常的解剖间隙到达舌咽神经出脑干的部位，此部位如果有血管压迫则进行微血管减压手术，通过垫棉将神经和血管隔开之后，血管不在神经根部跳动。如果在手术中没有发现血管的压迫，则进行舌咽神经离断手术，同时做迷走神经上根离断手术，手术之后可能会出现一些并发症。单纯的微血管减压术，一般认为术后的并发症较少，舌咽神经的离断和迷走神经上根的离断手术，可能会出现干咳、咽部异物感或吞咽困难。因此在手术做探查，发现有血管压迫时，还是做微血管减压手术，如果未发现此血管，可以考虑做上述手术治疗。