高位复杂性肛瘘因肛瘘内口位置较高或瘘口较多，窦道较多，手术应充分暴露内口，清除感染病灶和窦道组织。所以手术创面较大，深度较深，创面数量较多，为保护肛门括约肌功能和部分窦道，因此高位复杂性肛瘘不能完全切除，还需挂线治疗，形成慢性切割作用，促使慢性瘢痕愈合。
部分肛瘘感染创面不能一起缝合，部分患者感染腔隙较大，换药时创口引流条可造成愈合缓慢，愈合一般需1个月左右，较慢患者需2-6个月才能完全愈合。肛门平常处于收缩和关闭状态，伤口边缘会自行粘连形成假性愈合造成肛瘘复发，因此应时刻注意假性愈合发生。
若肛瘘术后破坏括约肌功能形成凹陷，使患者在一定期限内排便控制力减弱，此类患者需1-2年时间才能恢复正常。
