慢性粒细胞白血病的病因迄今为止未完全明确，目前认为苯以及衍生物、电离辐射可以导致慢性粒细胞白血病的发生，这与干细胞的染色体损伤关系密切，但其机理尚无定论。一般认为与细胞遗传学异常有关。因为95%以上的慢粒患者，有特异性的细胞遗传学异常，即Ph染色体。慢性粒细胞白血病临床缓解以后，Ph染色体的数目可以减少。但在病情复发或处于加速期时，Ph染色体数目再次增多。所以Ph阳性细胞的持续存在是慢粒患者复发和难以根治的主要原因。此外，环境污染、病毒感染、化学有害物质的接触等因素也可能是慢粒产生的诱因。