如果发生肝内多发囊病变，通常并不严重，多数是良性病变，无需特殊处理，通常不会出现严重的后果，常见于遗传性疾病，即多囊肝。多囊肝通常与多囊肾合并发生，是由于肝脏和肾脏在胚胎时期发育不完全，使得胆管、淋巴管阻塞而导致广泛性囊性病变，多数情况下无需进行处理，观察即可。
如果患者囊性病变发展到相应程度，即直径突然增大压迫肝脏实质、肾脏实质，导致肝功能、肾功能异常，此时需要通过外科手术处理。通常需要在腔镜下将肝囊肿开窗，引流出清亮的液体，再用电刀烧灼破坏囊壁细胞，从而避免复发。极少数患者可能会出现肝脏或肾脏功能衰竭，甚至需要进行肝脏、肾脏移植手术。
