肛周脓肿进行引流后是否根治，取决于病人的病情发展。70%左右的病人进行切开引流后会形成肛瘘，如果形成肛瘘，需要进行根治性手术。因为肛瘘会反复溃破流脓，病人的局部症状没有缓解。但是部分病人进行切开引流之后，不会形成肛瘘，已经彻底愈合，则没必要进行根治性手术。
另外，部分病人身体条件不允许进行根治性手术，比如合并严重的心肺疾病、血液病，或者妊娠期等其它特殊情况，可以先进行切开引流，缓解症状即可。此时病人无需短时间内进行根治性手术，只要症状缓解，暂时没有明显痛苦，也可以达到一定的治疗目的。通常根治性手术只是在内口比较明确，确实形成肛瘘时，才考虑进行。
