强直性脊柱炎进入晚期，整个脊柱均处于强直状态，不存在很好的治疗方法，再恢复至以前的状态十分困难。因此，有时会与骨科联合让病人做矫形手术，进行脊柱矫形。而针对骨外周关节，主要为髋关节损伤，包括股骨头坏死，所以晚期唯有进行髋关节置换。
晚期强直性脊柱炎患者内脏存在损害，比如心脏心腔扩大，造成主动脉瓣关闭不全，需要进行换瓣手术，否则有可能危及生命。部分患者眼睛存在严重虹膜睫状体炎，反复发作视力下降，甚至肺间质纤维化造成肺间质病变，肺如同网兜般失去功能，无法进行氧、二氧化碳交换功能，走路感觉憋喘，肺功能极差，此时已不存在好的治疗办法。
唯有通过长期吸氧或进行肺脏置换，但此法劳民伤财，花费巨大。发展至晚期不仅对于医生治疗困难，对患者造成的损伤程度也较大，且采取多学科治疗要求很高，因此，不要使病情拖延至晚期，要早期诊断、早期治疗。
