孕妇39周小腹疼痛可以考虑两种可能，具体如下：

1、孕晚期临产先兆，此为不规律疼痛，孕妇可以自己感觉，坐下或躺下时，触摸腹部明确疼痛时子宫是否发硬，如果感觉疼痛时子宫发硬，可以诊断为宫缩。需要观察宫缩时间长短，若宫缩逐渐增强，疼痛程度逐渐增强，间歇时间逐渐缩短或伴有见红，需要考虑到医院生产；

2、孕晚期假宫缩，此情况疼痛不规则，不影响休息，不影响睡眠，可能存在腹胀，疼痛情况较少，宫口不会开放。