轻度的反流性食管炎，通过生活方式的改善、饮食的控制，可能症状就不发作。但是中度、重度的反流性食管炎通过饮食、生活方式改善以后，症状可能还经常出现，经常有反酸、烧心或者胸痛，如果不进行治疗，反复发作，会引起食管黏膜的糜烂、溃疡，甚至形成食管的并发症，最常见的并发症可能出现上消化道出血，出现呕血或者黑便。再严重可能发展为溃疡反复的发作、愈合，形成纤维组织，最后形成瘢痕，导致食管狭窄，这时候会出现进食哽咽、吞咽困难，最初可能是固体食物吞咽困难，缓慢发展到半流质或者流食吞咽困难。
还有巴瑞特食管，是反流性食管炎的特殊类型，巴瑞特食管发生食管腺癌的几率是正常人的10-20倍，所以如果发生巴瑞特食管不治疗，可能将来会发生食管癌。