脓毒症的后遗症分为远期和近期，从脓毒症的定义角度讲，感染是原发病，感染以后并发的其它早期功能的损害则是并发症。在急性期，如心功能的脓毒性心肌病，临床上能早期发现、早期治疗脓毒性心肌病，病情会得到积极的改善。还有就是脓毒症对肾脏的损害，如感染、炎症因子对肾功能的损害可能导致肾功能衰竭。经过临床的积极治疗，这类肾功能衰竭大多也可以逆转。

当然也有部分患者由于感染迁延不愈导致肾功能早期不能逆转，有时候会演变为慢性肾功能不全。另外，重要脏器，如肺部在严重感染控制以后，相对而言大部分后遗症比较少。而且其他脏器，包括脑，经过治愈基本不会出现意识障碍的情况。