移行上皮覆盖于肾盂、输尿管、膀胱以及男性尿道前列腺段，如果发生癌变，则称为尿路上皮癌。因为移行上皮的广覆盖性，所以多数情况可发生于肾盂、输尿管和膀胱。
尿液中也会出现移行上皮，根据尿液中的移行上皮，可以分为表型移行上皮，通常来源于膀胱，中层移行上皮来源于肾盂，而底层移行上皮来源于输尿管、膀胱和尿道。
如果尿液中检查出现了移行上皮增多，通常情况下提示尿路感染，如急性肾盂肾炎、膀胱炎、输尿管炎、尿道炎等。如果尿液中出现大量移行上皮，要注意是否存在移行上皮癌的可能，通常需要结合其它辅助检查手段明确是否存在恶性情况。
