儿童如果短时间内出现晨咳，考虑由病毒感染引起，以对症支持治疗为主，一般并没有特效的抗病毒药。如果进行检查，发现炎症指标显著增高，痰培养有细菌生长，考虑细菌感染引起，需加用抗生素进行抗细菌治疗。还有一部分可能是支原体、衣原体感染引起，则需要加用大环内酯类的药物，进行抗支原体和衣原体的治疗。
如果经过普通的抗感染治疗后仍咳嗽，且持续时间＞1个月，以干咳为主，需警惕咳嗽变异性哮喘。需进一步完善相关的过敏原检测、肺功能检查、呼出气一氧化氮检查、胸片检查等。如果确诊为咳嗽变异性哮喘引起的晨咳，则需使用抗哮喘的药物进行抗哮喘治疗，才可真正缓解晨咳症状。
