脑脊髓炎大部分可治好，若为病原微生物直接侵犯机体，如细菌、病毒感染，给予足量、足疗程抗病毒、抗菌药物治疗基本可治愈。若不加特别说明的脑脊髓炎，通常指由于自身免疫反应引起的自身性脑和脊髓炎症，可表现为头痛、头晕、肢体运动障碍、感觉障碍、二便障碍甚至为抑制障碍等严重状态。

急性期治疗需进行大强度3-7天的糖皮质激素冲击治疗，若条件允许，可同时使用免疫球蛋白和血浆置换清除体内血液中的致炎物质。当急性期治疗大概2周后患者会有明显改善。此时可能还需继续口服激素，同时口服免疫抑制剂。通常全程治疗不少于3个月，后续口服药物大多数患者可痊愈。部分严重疾病，如播散性脑脊髓炎可危及患者生命，部分严重脑脊髓炎可能留下不同程度后遗症，但有2/3左右的患者可恢复。部分患者中大概有10%复发可能，并且随复发次数的增多，预后逐步下降。