慢性肠炎通常无法根治。慢性肠炎主要是炎症性肠病，最常见的是溃疡性结肠炎和克罗恩病。上述两种疾病与免疫系统紊乱有关，可以导致持续性反复发作的严重变化。

慢性肠炎的患者临床表现包括腹痛、腹泻、便秘，甚至出血、严重营养不良，发展到一定程度时可能会导致肠恶性病变，可以出现结肠癌或者肿瘤等。该病在治疗上很有难度，目前属于消化系统疾病中治疗十分困难的疾病，所以需要长时间、规范、系统的治疗。