运动神经元病属于神经系统变性病，病情是逐渐进展加重的。目前运动神经元病的预后与疾病的类型和发病年龄有关，以肌萎缩侧索硬化的预后最差。根据最新的文献报道，有一种肌萎缩侧索硬化的良性变异类型预后较好，这种表现主要是双上肢近端的肌肉无力以及肌肉萎缩，而双下肢延髓受累较轻。国内外的报道均是以男性患者为主，男女发病比例为5:2，1998年将这种疾病命名为连枷臂综合征。这类的患者预后较良好，平日要防止跌倒、避免上肢外伤等。大部分的运动神经元病病情是逐渐进展加重的，会累及四肢出现四肢软瘫、颈部肌肉无力、抬头困难、病人生活不能自理、后期吞咽困难、呼吸肌麻痹、呼吸衰竭，容易合并营养障碍、肺炎、压疮、下肢静脉血栓等并发症。

针对以上并发症，比如对瘫痪肢体要加强康复训练，借助一定的工具改善生活自理情况，对吞咽困难的患者要及早鼻饲饮食，对呼吸困难要及时给予辅助通气措施，均可以减少并发症、延长生存期。生存期根据疾病发展的快慢，以及并发症的情况不同而不同，短则数月，长者可以达到十几年，平均27-52个月。