目前根据国内外的临床观察及研究试验，发现中高危的患者术后复发风险很高，因此需要药物治疗。胃肠间质瘤手术以后，即R0切除以后已经把间质瘤切干净，但是胃肠间质瘤根据肿瘤的危险度分级，分成极低危、低危、中危和高危。目前来说中高危的胃肠间质瘤术后复发的可能性非常大，如果是高危，几乎百分之百复发。

目前常用的药物是伊马替尼，伊马替尼对于绝大多数胃肠间质瘤的治疗都有效。因此中高危患者通过术后辅助药物治疗，可以降低复发风险。所以手术即使是R0切除，对于中高危的患者，还需要药物进一步治疗。