通常结膜囊肿并不会自己消失，一般需要通过较小的手术或者通过治疗进行解除。不同时期的囊肿，其处理方法也有所不同，具体如下：
1、早期：刚形成的结膜囊肿一般体型较大、囊壁较薄，可以采用穿刺的方法进行处理，使用穿刺针将结膜囊肿穿破，并破坏囊壁，由于囊壁较薄易破坏，不仅可以破坏掉结膜囊肿，还将囊壁完整性也破坏。如果囊壁的完整性破坏较彻底，不会再重新形成囊肿，可以解除囊肿；
2、后期：如果囊肿形成时间较长，而且囊壁又厚又韧，如果出现这种情况，采用穿刺方法破坏囊壁，可能会导致囊壁愈合，重新蓄积液体形成完整的囊，通过这样的简单穿刺处置达不到消除效果，建议进行手术切除，切开球结膜后将囊肿完整切除，再将结膜进行缝合处理。
