宫内感染由于多种病毒、细菌或者支原体、衣原体等病原体引起。阴道本身不是无菌环境，往往存在着多种常住菌，也可能由于同房或者其它途径带来外源性病原体，如霉菌，也就是真菌、加德纳菌、厌氧菌等，在阴道内属于常住病原体，在特定条件下，可能会通过宫颈逆行感染到宫腔内，造成宫内感染。另外B族链球菌在孕妇的阴道下1/3或者肛门都可以采集到，30%的孕妇可能会呈阳性，也会引起宫内感染。

在孕36周时会进行B族链球菌，即无乳链球菌筛查，如果孕早期感染了病毒，如TORCH病毒，包括风疹病毒、巨细胞病毒、弓形虫等五种病毒。这种病毒如果感染到孩子，就可能会引起畸形、染色体异常等不良后果，导致流产或者胎儿发育异常。所以宫内感染是由病原体所引起，病原体包括病毒、细菌、真菌、支原体等，都可能会引起宫内感染。而宫内感染最不良的后果就是可能会引起胎膜早破、绒毛膜羊膜炎，胎儿发育异常、胎儿发育畸形等。