肛周脓肿的症状主要是疼痛，肛门周围或肛门本身的强烈疼痛，严重的会限制患者行为，比如患者走路会很别扭、很不方便，因为疼痛会出现一种特殊的走路姿势，还会限制坐位姿势，可能会避免肛门部位的接触，这是肛周脓肿的明显表现，有这样症状的病人首先考虑肛周脓肿。
肛周脓肿的这种疼痛，一般早期会出现轻微疼痛，逐渐加重，渐渐地出现强烈疼痛，这个时间一般是3天。也有肛周脓肿的疼痛很强烈，但是外观看不到脓肿的外在表现，即肛周没有严重的、常规的红肿热痛，指诊时往往会发现直肠里有一个肿胀的包块，按之触痛，有波动感，一般都是黏膜下脓肿。
常规的脓肿除了疼痛，外在的肛门局部会出现红肿热痛，部分患者会伴有发热，这是肛周脓肿的一些常见症状。
