太阳穴阵发性疼痛的原因如下：
1、脑血管病变或者颅内器质性病变：对于有高血压、冠心病、动脉硬化的患者，建议进行头颅核磁共振检查以及血管的相关检查，如血管超声检查或脑血管核磁共振检查，明确存在器质性病变，如颅内肿瘤、血管瘤破裂或者血管畸形等；

2、颞动脉炎：主要是耳颞神经伴随颞动脉受到炎性刺激后，出现阵发性跳动，且呈搏动性跳动，通常与心脏搏动相一致，影响患者睡眠，排除器质性病变之后可以进行耳颞神经的阻滞缓解疼痛；

3、颈源性疼痛：发病率较高，颈源性头痛的症状也表现为太阳穴的阵发性疼痛。