头疼可以就诊的科室如下：

1、心内科或神经内科：患有头疼首先要关注的是心脑血管疾病，建议就诊于心内科或神经内科，需要关注头颅本身的问题。如果有头颅占位性病变，如小脑脑干肿瘤、血管畸形、血管瘤、脑出血等，需要头颅核磁共振检查来进行筛查，必要时进行脑CTA检查。心脏疾病要关注由于高血压、动脉粥样硬化导致的心脏疾病，如心律失常、心力衰竭等等，建议到心脏科进行酶学检查以及心电图、心脏彩超等检查；

2、疼痛科：如果心脑血管都没有问题，头疼建议就诊于疼痛科，因为头疼一般是由于颈椎病、颈肩部软组织损害刺激颈神经产生的症状，所以就诊于疼痛科进行颈椎核磁共振检查。其目的在于排除延髓梗死和其它病变，以及椎体病变等。如果只是颈椎曲度改变，椎间盘突出、退变等等，没有其它器质性病变，可以进行疼痛科的相关治疗来治疗头疼。