儿童心肌损伤建议口服营养心肌的药物，最常见的营养心肌的药物包括果糖二磷酸钠口服液、辅酶Q10、左卡尼汀口服液。还有益气养心的中成药，如芪冬颐心口服液或荣心丸等。还可以口服大剂量维生素C，增强抵抗力，清除体内自由基。
除了药物，在饮食方面也可以均衡饮食，或者多吃富含维生素C的食物，包括肉类、蛋、奶、青菜等。通过饮食、药物，大部分心肌损害的儿童可以在短时间内得到有效治疗，不会出现不良预后，从而影响儿童的心脏结构和功能。
但也有部分儿童心肌损伤早期比较轻微，但是病因没有根除，随着疾病进展，可能会发生慢性心肌损害或慢性心肌炎。一旦出现这种情况，可能部分心肌细胞会发生重塑或显微化，这时要强调这部分儿童要在专业的心血管内科医生的指导下，进行定期随访和观察。
