小儿根尖脓肿已经发生瘘管时，通常说明牙髓感染通过根尖孔已穿出根尖区，形成根尖周围组织牙槽骨炎症，细菌毒素增加形成脓肿，且再从牙槽骨穿出来形成瘘管。此时多属于慢性感染过程，仅依靠服用药物除无法去除根尖瘘管，牙髓感染需将龋损去除干净。

将牙髓带根管内感染，即细菌、毒素全部清理干净，使用机械或者机械加化学方法预防根管再次感染，用生物相容性较好的封闭剂填充，防止再发生瘘管。髓腔原发感染去除后，瘘管会自行封闭。如果仅将瘘管刮除，瘘管仍会复发，所以根尖脓肿的瘘管治疗需规范的根管治疗。