脑静脉窦血栓有轻重之分，轻症者没有任何后遗症，而对于重症的患者，特别是急性期上矢状窦血栓合并静脉性脑梗死和出血时，则会破坏脑组织，导致肢体瘫痪。除治疗原发静脉窦血栓以外，还应该针对瘫痪进行康复治疗。部分患者可能合并癫痫，而在急性期过后还要继续服用抗癫痫药物治疗。

脑静脉窦血栓目前死亡率不足5%，绝大多数患者预后较好，只有部分患者会存在合并症需要进行处理。