肝穿刺最主要的副作用就是容易引起出血、感染、胆瘘、肝动脉静脉瘘、损伤肝脏周围的组织器官等。

1、出血：肝脏血供非常丰富，在肝穿刺的过程中，可能穿刺中某些重要的血管，从而引起大出血的可能，包括腹腔出血、腹壁出血、穿刺点出血等情况。密切注意走行方向，能够有效地减少出血的概率；

2、感染：在某些穿刺的情况下，可能导致肝内感染；

3、胆瘘：肝脏胆道的损伤，可能导致胆汁外漏，从而引起胆瘘的发生。例如胆汁进入腹腔，从而引起腹腔的腹膜炎、腹腔感染等情况；

4、肝动脉静脉瘘：在穿刺的过程中，也可能导致肝动脉静脉瘘。肝动脉穿刺后，穿刺肝静脉，导致动脉血直接进入静脉，会出现严重情况；

5、损伤肝脏周围的组织器官：如穿刺肺部，导致气胸，或者穿刺胆囊下面的肾脏、结肠等，导致其它的组织、器官损伤，从而引起相应的并发症；

6、针道转移：如果是肝肿瘤进行穿刺，要注意可能通过相应的针道转移。