抗核抗体检测的是一个自身抗体，所谓自身抗体就是针对自身组织、器官产生的抗体，正常情况下没有。所以，抗核抗体检测的是一种自身免疫病，也就是自身的免疫系统对自身组织发起了攻击。
正常情况下，自身组织免疫耐受，这就是所谓的自身免疫病，包括系统性红斑狼疮、干燥综合征、多发性肌炎、皮肌炎、系统性硬化症。还有其他的自身免疫病，比如原发性胆汁性胆管炎，也会有一些抗核抗体。
当然，这些不同的抗核抗体，针对的靶抗原不一样。比如系统性红斑狼疮，针对抗核抗体的靶抗原，包括核小体抗体、史密斯抗体、双链DNA抗体。而PPC，也就是原发性胆汁性肝硬化，针对的靶抗原是GP210、SP100这种特征性抗体。
而干燥综合征通常针对的是SSA、SSB，而系统性硬化症针对的抗核抗体较多，包括着丝点抗体、SCL70抗体、Th/To抗体，以及RNA多聚酶Ⅲ抗体。
