治疗胃息肉的最佳方法，是内镜下进行切除。目前胃息肉的治疗方面，药物治疗的效果较差，通常通过切除的方法进行治疗，包括内镜下切除和外科切除。但外科切除基本不做考虑，因为即使是较大的胃息肉，多数也能在内镜下进行切除，除非部分合并癌变的息肉，可能需要进行手术切除。
胃息肉多为增生性息肉和胃底性息肉，此类息肉的癌变率较低，通常无需进行处理，可以暂时随访、观察。如果其明显增大，或合并癌变时，才需进行内镜下治疗。此外部分幽门螺杆菌患者，会合并增生性息肉。对于此类患者，可通过根除幽门螺杆菌的方法进行治疗，通常息肉可以消退。
