怀孕36天是否能做药流要视具体情况而定，药流的时间一般是5-7周，且要从B超上能观察到孕囊以及卵黄囊，确定是宫内妊娠，且胎囊的平均径线在1cm以上，才可以做药流。如果孕周太小不可以做药流，同样孕周＞7周时也不可以做药流，如果胎芽已经＞1cm也不可以做药流。

因此在怀孕36天时，要观察具体的孕周，如果患者的月经周期比较长，排卵的时间会错后，受孕便会晚。此时如果宫内孕囊尚未＞1cm，或宫内有小囊但是还没有出现有卵黄囊，不能确定是宫内早孕，此时便不可以做药流。