吉兰-巴雷综合征大部分预后良好，病情一般在2周左右达到高峰，90%以上的患者在4周以内停止发展。大多数患者经过治疗以后，病情在数天到数周以后开始恢复，少数患者在病情恢复过程中出现波动、有再次加重的情况。多数患者神经功能在数周以及数月内基本恢复，病情严重的患者如果出现轴突损害，可以遗留持久的神经功能障碍，比如遗留肢体无力、行走困难、手的精细活动不灵活、肢体末端麻木等。对疾病早期诊断、及时有效的治疗，以及随着目前机械通气重症监护技术以及免疫治疗的广泛应用。

目前吉兰-巴雷综合征的死亡率非常低，一般在3%左右，主要的死亡原因是呼吸肌麻痹、呼吸衰竭、感染、低血压、严重心律失常等。所以对呼吸困难的患者要严密观察呼吸情况、保持呼吸道通畅。有气管分泌物过多、咳痰费力、要尽早气管插管、气管切开，必要时应用呼吸机。如果发现低血压、心律失常等，要及时处理。